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實驗動物中心的設立需要回溯到民國51年8月，國科會前身之國家長期發展委員會核准轉洽美援協助，在臺大醫學院內興建動物室一棟，此為〔臺大醫學院動物室〕時期，主要作為大動物實驗研究之用，飼養犬、貓等大型實驗動物。民國70年教育部正式核定轉為臺大醫學院管理，名稱仍沿用〔醫用實驗動物繁殖中心〕。民國79年3月正式奉教育部核准成立〔臺大醫學院實驗動物中心〕。
實驗動物中心目前下設繁殖組、小動物代養組、大動物代養組及研發組等四組。本中心除了實驗動物繁殖及代養的工作外，還提供動物訂購，動物疾病之診斷以及健康監測等服務，另有建立遺傳特性的實驗動物模式、實驗動物科學之研究、以及建立實驗動物科學資料庫。同時，還負責舉辦動物研究科學的小型研討會及協助研究所課程，以提供校內同仁更好的服務和更新的資訊。
在今日生醫時代中，動物中心不再僅限於實驗動物繁殖及代養，須轉型以研發為導向，提供本中心的資源並結合其他研究團隊，延攬與培育優秀的研究人員，例如疾病模式動物開發、基因轉殖疾病模式動物製作、病理組織以及免疫組織等鑑定研究人員，同時提供本中心的空間及設備給研究單位使用，藉以達到轉型與提昇素質的目的，成為一個整合型的實驗動物醫學研究中心。
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